Klanten van een voedselbank moeten erop kunnen vertrouwen dat de veiligheid van het voedsel dat zij krijgen aangeboden gewaarborgd is. In de periode 2013 tot 2016 hebben de voedselbanken deelgenomen aan het Project voedselveiligheid. De Nederlandse Voedsel- en WarenAutoriteit (NVWA) heeft speciaal voor de voedselbanken in Nederland een document opgesteld, het Infoblad 76, met richtlijnen waaraan men moest voldoen om veilig met voedsel te kunnen/mogen werken.

Voedselbanken werken met een Handboek Voedselveiligheid dat gebaseerd is op de CBL Hygiëne Code. In dit Handboek staat beschreven wat een voedselbank moet doen en laten om er zeker van te zijn dat er aantoonbaar voedsel veilig gewerkt wordt. Inspecteurs van de Houwers Groep of van Sensz B.V. , beide onafhankelijke commerciële inspectiebedrijven werkzaam op het gebied van voedselveiligheid, hebben de afgelopen jaren de voedselbanken geïnspecteerd.

Voedselbank Utrecht is in februari 2018 weer geaudit en heeft het certificaat weer mogen verlengen.